El Rey Alfonso I de Aragón, El Batallador, conquistó la ciudad en 1118.
Tras la reconquista de Zaragoza, se inició la reforma del palacio. Se considera el palacio como uno de la principales focos de la irradición del arte mudéjar aragonés.

En 1292, Jaime II ordena al merino de Zaragoza que efectúe en la Aljafería una serie de reparaciones que son necesarias para su correcta adecuación. Se convirtió la Aljafería en el palacio de los monarcas aragoneses, quienes además llevaron a cabo en su interior sucesivas obras de ampliación y de recondicionamiento.